在进水中已溶解的金属盐能够在反渗透系统中析出，这些盐多数是铁的氢氧化物，继之是铝的氢氧化物。锰氧化合物析出的可能，也是存在的。
① 在反渗透系统中的亚铁离子的氧化。亚铁离子本身是不会影响反渗透系统的性能，因为亚铁离子实质上是被去除的。如果供给水源含有溶解氧化物，亚铁离子将被氧化生成氧化铁，特别是在高pH值时，甚至在反渗透设备膜上形成沉积物。这个反应速度与铁的浓度、氧的浓度和供给水源的pH值有关。反渗透设备控制进水的pH值，避免进水的氧浓度变化，可以预测这种形式的铁析出。降低pH值，反渗透设备在pH值5~7的正常使用范围内，反渗透系统内不会影响铁的溶解度。但在低pH值时，反渗透设备亚铁离子的氧化常慢的。
② 来自反渗透系统的铁的腐蚀物。铁腐蚀的产物发生于腐蚀的碳钢或镀锌管，为了预防铁的腐蚀，反渗透设备必须使用合理结构的材料。通常设计反渗透设备材料是低压管道用PVC材料，高压管道是不锈钢材料。钢制容器如介质过滤器、碳过滤器、水软化器和砂过滤器必须用环氧树脂或橡胶衬胶。这些压力容器的表面管道也要衬里，反渗透设备这一点常重要的。不推荐内部喷涂环氧树脂，因为喷涂有可能裂开。这样了局部面积的碳钢，为腐蚀提供了条件。
③ 来自进水源的铁腐蚀产物。有些情况在供给水源里的腐蚀产物总是超过了使用的控制点。例如，腐蚀了的城市输水干线或从水源到反渗透厂非常长，用防腐管道代替碳钢管道是不经济的。在这种情况下，腐蚀产物进入反渗透设备以前必须从反渗透的给水中去除。
为了预防铁的污染，已经为反渗透设备建立了下列指导原则：如果进水溶解氧浓度低于标准，铁的浓度达4mg/L这样是允许的反渗透设备；如果高的话，铁的浓度应该维持在低于0.5mg/L。pH值也必须考虑。如果亚铁离子浓度非常高，在氯、空气或高锰酸钾的作用下，亚铁离子首先被氧化成铁离子，然后沉淀物被过滤器除去，阳离子交换树脂（软化剂）也能用来去除亚铁离子；然而，如果亚铁离子浓度大于1mg/L，软化剂将产生铁垢，绿砂过滤器将亚铁离子氧化成铁离子，并除去在一个运行阶段里过滤器中的沉积物。这些绿砂是用高锰酸钾定期再生，高锰酸钾不允许进入反渗透设备。
铝垢是由氢氧化物的沉淀引起的，明矾凝聚是一种普通的工艺，它被用来净化大量的地表水。根据pH值和操作方式，在被处理的水中存在高浓度的铝离子，铝离子是两性的（铝能够充当酸或碱），并且大约在pH值6.5~6.7范围内具有最低的溶解度。因此，如果明矾在特别高或特别低的pH值运行时，铝离子将进入反渗透设备的补给水系统，铝的氢氧化物的沉淀能够在二者之中任何一种情况发生。加酸调节pH值，用作预处理的明矾系统必须在pH值6.5~6.7范围内操作，以获得铝的最小溶解度，应用这个原则不会产生铝垢。
为了更好地去除色度，反渗透设备在低pH值（5.0~5.5）也是用明矾凝聚。砂过滤之后，用石灰调节给水的pH值到8.0~805，如果为了控制碳酸钙垢，酸化补给水，氢氧化铝可能沉淀。由于氢氧化铝的沉淀是以胶体形成，胶体污染问题就需处理；如果适当的pH值使用明矾凝聚，过滤器处理水的铝浓度应该小于0.1mg/L。氢氧化铝的组成和化学性质是络合物，为了确定除铝离子方面的效率，应该做指导试验反渗透设备。
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